Shiki 99 có các thiết kế giống như Shiki 96, các bộ phận của nó khá phổ biến nên dễ dàng sửa chữa hay thay thế. Tuy nhiên, việc không phải tra dầu nhớt thường xuyên cũng như các bộ phận cơ bản của nó tốt hơn làm tăng độ tin cậy của loại vũ khí này so với các phiên bản trước. Các phiên bản đầu của nó có gắn chân chống chữ V và bộ phận chống chớp sáng. Băng đạn gắn phía trên chứa 30 viên, và nòng súng có tay cầm giúp nó dễ dàng được tháo ra và gắn vào nhanh chóng.

Shiki 99 có một lưỡi lê gắn ở phía đầu súng. Ống ngắm 2,5× có thể gắn vào phía bên phải của súng. Chúng thường được cấp cho các xạ thủ và được dùng trong các nhiệm vụ bắn tỉa. Lưỡi lê có thể gắn ở phần ống trích khí bên dưới súng.